Không thể phủ nhận mức độ tiện dụng của lò vi sóng trong việc hâm nóng thức ăn. Vậy trong quá trình làm nóng thức ăn bằng lò vi sóng cần lưu ý những điểm sau

 - Không dùng vật dụng bằng kim loại hoặc bát đĩa nhựa, sứ có trang trí hoa văn kim loại cho lò vi sóng để nấu, rã đông (trừ khi dùng chức năng nướng), để tránh nguy cơ cháy nổ do phóng tia lửa điện. Việc gói giấy bạc thực phẩm cũng chỉ áp dụng khi dùng chức năng nướng của lò vi sóng.

- Dùng các dụng cụ đựng thức ăn chuyên dụng cho lò vi sóng như thủy tinh, nhựa chịu nhiệt, sứ trắng không trang trí hoa văn; không dùng các đĩa chất dẻo thông thường vì chúng chịu nhiệt không tốt nên dễ bị biến dạng thậm chí tan chảy.

- Khi nấu những thức ăn có vỏ hoặc màng mỏng (trứng, khoai lang, xúc xích, đồ đựng trong hộp), cần phải xăm lỗ, bóc vỏ, mở nắp để tránh hiện tượng phát nổ do thực phẩm bên trong tăng thể tích khi tăng nhiệt độ.

- Phải bảo đảm cửa lò không bị hở để sóng không lọt ra ngoài có thể làm hỏng mắt. Hiện nay, các lò vi sóng đều có chức năng tự dừng hoạt động khi cửa lò bị hở.

- Một số chất độc, có thể gây bệnh nguy hiểm như ung thư, từ bao gói chất dẻo và mực in nhãn bao như adipate, phtalate, benzophenone có thể loang ra thức ăn đun nấu bằng lò vi sóng.

- Không dùng lò vi sóng để nấu thịt lợn ướp hoặc thăn lợn hun khói. Những thực phẩm này chứa nhiều nitric. Nếu được đun bằng lò vi sóng, nitric sẽ trở thành các nitrosamin - những phân tử có thể gây ung thư rất mạnh.